EQSC vepron i lirë ndaj çdo ndikimi nga interesa të ndryshme. Për të siguruar paanësinë dhe objektivitetin e tij EQSC ka një politikë strikte që ka të bëjë me konfliktin e interesave të të gjithë personelit të përfshirë në aktivitetet e auditimit dhe çertifikimit. Për më tepër, EQSC është e vetëdijshme që përveç aktiviteteve të saj të certifikimit, ajo zhvillon edhe aktivitete të tjera në përputhje me fushën e veprimtarisë të regjistruar në Qendrën Kombëtare të Biznesit (QKB). Këto aktivitete, përfshirë por jo vetëm: konsulenca në bujqësi, trajnime, auditime të brendshme apo shërbime të ofruara për llogari të palëve të treta, mund të paraqesin rrezik të shtuar për paanshmërinë dhe integritetin e procesit të certifikimit. Si rrjedhojë, personeli i përfshirë në aktivitetet e certifikimit të sistemeve të menaxhimit (auditorë, vendimmarrës, shqyrtues teknikë, etj.) nuk përfshihen në asnjë formë në aktivitetet e tjera të EQSC që janë jashtë fushës së akreditimit, në mënyrë që të shmanget çdo konflikt potencial interesi dhe të garantohet paanshmëria. Ky ndalim zbatohet edhe për personelin e angazhuar me kontratë pune ose kontratë shërbimi ose në mënyrë të përkohshme. Konflikti i interesave lind nëse personi i përfshirë në procesin e çertifikimit ka marrëdhënie financiare ose personale me një person ose organizatë, marrëdhënie e cila mund të përfundojë në një konflikt, p.sh. anëtarët e familjes, miqtë, partnerë biznesi, konkurrentë, etj. Konflikti i interesit mund të jetë edhe “pozitiv” domethënë mund të ketë një interes për një vendim pozitiv çertifikimi; ose “negativ” domethënë individi mund të jetë kundër çertifikimit, p.sh. për arsye konkurrence.Personat me konflikt interesash përjashtohen nga çdo aktivitet që ka ndikim në vendimmarrje apo objektivitetin e procesit të auditimit ose certifikimit, përfshirë shqyrtimin e dosjeve, monitorimin dhe vendimmarrjen për certifikim. Kjo politikë prek të gjitha personat e përfshirë në procesin e auditimit dhe certifikimit p.sh stafin, auditorët, anëtarët e komiteteve ose palët e nënkontraktuara. Konflikti i interesit mund të ndodhë edhe në rastin kur një person (anëtar i personelit ose komitetit) jep këshilla ose i siguron konsulencë një klienti gjatë 2 viteve të mëparshme. Të gjithë personat (anëtarë komitetesh dhe personel) të përfshirë në procesin e auditim/certifikimit duhet të plotësojnë FPO.2_1  Deklarata e Paanshmërisë, Integritetit, Konfidencialitetit, Sigurisë së Informacionit dhe Konfliktit të Interesit. Kjo deklaratë duhet të plotësohet dhe azhornohet në dosjet e secilit person përkatës, në çdo herë që ka konflikt interesi, ose të paktën çdo dy vjet. MCI verifikon këto deklarime dhe i raporton Administratorit. Administratori vendos nëse ka potencial për një konflikt interesi ose jo dhe delegon MCI të përjashtojë personin me konflikt interesi, nga çdo aktivitet që mund të përbëjë rrezik për paanshmërinë e vendimeve të marra nga EQSC për rastin specifik. Këta individë janë të detyruar të mos marrin pjesë në çfarëdolloj aktiviteti që ka lidhje me procesin e certifikimit  të rastit specifik. Personat që kanë realizuar auditime ose kanë qenë të përshirë në procesin e certifikimit të një klienti me të cilin ata kishin konflikt interesi, dhe për të cilin nuk deklaruan më parë, mund të  përjashtohen menjëherë nga çdo komitet i EQSC ose do t’i ndërpritet kontrata e punës sipas vendimit të Administratorit. Komitetit të Paanshmërisë i raportohen çdo vit në takimin përkatës, të gjitha rastet e konfliktit të interesit dhe masat e marra, shih P.240 Komiteti i Paanshmërisë.